Sekvenciranje virusa

 
21.08.2021.
Virusi su podložni stalnim promjenama kroz mutacije i varijacije na osnovnom virusu. Navedeno je posljedica evolucije i prilagodbe virusa. Iako većina mutacija neće značajno utjecati na karakteristike virusa, neke mutacije ili kombinacije promjena na virusu mogu dovesti do izmjene nekih njegovih karakteristika koje omogućavaju veću prenosivost ili veći utjecaj na kliničku i/ili epidemiološku sliku.
 
Ovisno o tom utjecaju dobivene varijante dijelimo u varijante od značaja (variant of concern-VOC), varijante od interesa (variant of interess- VOI) i varijante pod nadzorom (variants under monitoring).

VOC su one za koje postoje jasni dokazi da mutacije u njima imaju značajan utjecaj na prijenos, težinu bolesti i/ili imuni odgovor te će vjerojatno imati utjecaj na epidemiološku situaciju u EU/EEA.


VOC u EU/EEA:
 
SZO oznakaLinije +dodatne mutacijePrvotno dokazanaMutacije od interesa na “spike” proteinuGodina i mjesec detekcije
Alfa B.1.1.7 UK N501Y, D614G 09/2020
  B.1.1.7+E484K UK E484K, N501Y, D614G 12/2020
Beta B.1.351 Južnoafrička Republika K417N, E484K, N501Y, D614G 09/2020
Gama P.1 Brazil K417T, E484K, N501Y, D614G 12/2020
Delta B.1.617.2 Indija L452R, T478K, D614G, P681R 12/2020

VOI su one varijante za koje su dostupni podaci o genomskim obilježjima, epidemiološki i in-vitro dokazi koji ukazuju na značajan utjecaj na prijenos težinu bolesti i/ili imuni odgovor te bi mogle imati utjecaj na epidemiološku situaciju u EU/EEA. Navedeni dokazi su međutim još u preliminarnoj fazi istraživanja ili posjeduju značajnu nesigurnost.


VOI u EU/EEA:


 
SZO oznakaLinije +dodatne mutacijePrvotno dokazanaMutacije od interesa na “spike proteinu”Godina i mjesec detekcije
Eta B.1.525 Nigerija E484K, D614G, Q677H 12/2020
Theta P.3 Filipini E484K, N501Y, D614G,  P681H 01/2021
Kapa B.1.617.1 Indija L452R, E484Q, D614G    P681R 12/2020
  B.1.620 nejasno S477N, E484K, D614G    P681H 02/2021
  B.1.621 Kolumbija R346K, E484K, N501Y, D614G, P681H 01/2021
Lambda C.37 Peru L452Q, F490S, D614G 12/2020

Varijante pod nadzorom su one za koje postoje indikacije da dijele svojstva slična onima koje nose VOC, ali su dokazi za to slabi ili još neobrađeni od strane ECDC. Navedene varijante moraju biti prisutne bar u jednoj lokalnoj epidemiji, dokazane unutar EU/EEA ili moraju postojati dokazi o prijenosu unutar zajednice negdje u svijetu.

Varijante pod nadzorom:
 
SZO oznakaLinije +dodatne mutacijePrvotno dokazana Mutacije od interesa na “spike proteinu”Godina i mjesec detekcije
  B.1.617.3 Indija L452R, E484Q, D614G, P681R 02/2021
  B.1.214.2 nejasno  Q414K, N450K, ins214TDR, D614G 12/2020
  A.23.1+E484K UK V367F, E484K, Q613H 12/2020
  A.27 nejasno L452R, N501Y, A653V, H655Y 12/2020
  A.28 nejasno E484K, N501T, H655Y 12/2020
  C.16 nejasno L452R, D614G 10/2020
  B.1.351+P384L Južnoafrička Republika P384L, K417N, E484K, N501Y, D614G, A701V 12/2020
  B.1.351+E516Q nejasno K417N, E484K, N501Y, E516Q, D614G, A701V 01/2021
  B.1.1.7+L452R UK L452R, N501Y, D614G, P681H 01/2021
  B.1.1.7+S494P UK S494P, N501Y, D614G, P681H 01/2021
  C.36+L452R Egipat L452R, D614G, Q677H 12/2020
  AT.1 Rusija E484K, D614G, N679K, ins679GIAL 01/2021
Iota B.1.526 SAD E484K, D614G, A701V 12/2020
  B.1.526.1 SAD L452R, D614G 10/2020
  B.1.526.2 SAD S477N, D614G 12/2020
  B.1.1.318 nejasno E484K, D614G, P681H 01/2021
Zeta P.2 Brazil E484K, D614G 01/2021
  B.1.1.519 Meksiko T478K, D614G 11/2020
  AV.1 UK N439K, E484K, D614G, P681H 03/2021
  P.1+P681H Italija D614G, E484K, H655Y, K417T, N501Y, P681H 02/2021
  B.1.671.2 + K417N UK L452R, T478K, D614G, P681R, K417N 06/2021
  C.1.2 Južnoafrička Republika D614G, E484K, H655Y,  N501Y, N679K, Y449H 06/2021

U suradnji sa ECDC, HZJZ od 09.02.2021. jednom tjedno šalje određeni pozitivnih uzoraka iz RH, slučajnim odabirom ili iz ciljanih epidemioloških potreba, na sekvenciranje u njemački laboratorij Eurofins.

ECDC-u je do 20.08.2021. RH uputila 8460 uzoraka. Rezultati su zaprimljeni za njih 8084 od čega je u 6743 uzoraka sekvenciranje uspješno provedeno.
 
U tablici su po tjednima sekvenciranja prikazane dokazane varijante.
 
Pristigli rezultati po tjednima Dokazane varijante Ukupan broj sekvenciranih uzoraka
VOC  
Pod nadzorom
Alpha Alpha+ Beta Gamma Delta
B.1.1.7 B.1.1.7+
E484K		 B.1.351 P1 B.1.617.2
22.-28.02.2021. 38   2     B.1.526 179
4
01.-07.03.2021. 61           176
08.-14.03.2021. 53           182
15.-21.03.2021. 204   5     P.2 352
2
22.-28.03.2021. 204   3       318
29.03.-04.04.2021. 292   4       353
05.-11.04.2021. 303   1       343
12.-18.04.2021. 395           419
19.-25.04.2021. 339           357
26.04.-02.05.2021. 342   1       354
03.-09.05.2021. 315           320
10.-16.05.2021. 350           358
17.-23.05.2021. 429   1       435
24.-30.05.2021. 339   2       345
31.05-06.06.2021.  250       2   254
07.-13.06.2021. 255       11   267
14.-20.06.2021. 147       12   160
21.-27.06.2021. 165       26   207
28.06.-04.07.2021. 83     3 64   151
05.-11.07.2021. 49       43   92
12.-18.07.2021. 44       109   154
19.-25.07.2021. 17     2 122   142
26.07.-01.08.2021. 20 1     128   152
02.-08.08.2021. 60       199   260
09.-15.08.2021. 8       236   244
16.-22.08.2021. 2       B.1.617.2 B.1.617.2.4 (AY.4)   169
164 3
 

Literatura: https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern

 

(Izvor: www.koronavirus.hr)